Nella terza stagione, Chuck ha finalmente il potenziale per diventare un vero agente. C'è solo un problema: le sue emozioni. Riuscirà Chuck a tenerle sotto controllo mentre assume il suo nuovo ruolo di Intersect 2.0? I suoi supervisori, Sarah Walker e John Casey, saranno ancora lì per proteggerlo, ma dovranno anche aiutarlo a diventare l'agente che è destinato a essere.